大氣等離子清洗機雖然可以快速的清潔處理污染的表面，但仍有極限；我們作為廠家常常遇到客戶想要以大氣等離子清洗機清潔指紋、灰塵等；在清潔應用上，大氣等離子清洗機是以化學反應方式將污染物氧化成CO2、CH4等揮發性物達到移除污染物之目的，因此無機類的污染物無法簡單的以N2，或空氣大氣等離子去除，必需加入特別的氣體，因此建議使用真空型式等離子清洗設備來處理無機污染物。另外，油污的厚度若太厚如指紋，需要較長的處理時間，此時需要考量試片的耐溫性及處理成本，一般都會建議先以濕式清潔方法先去除大部份污染物后，最后再由大氣等離子清洗機處理濕式方式無法清掉的部份；基本上小于100nm的有機污染物才會選擇以大氣等離子清洗機來處理。

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